関連当事者取引の発生を感知する仕組みはどう構築すべきですか。

まずは関連当事者の範囲を明確にする必要があります。範囲を明確にする方法としては、関連当事者リストを作成するケースが一般的です。
リストを作成し関連当事者に該当する者を社内に周知し、関連当事者取引を行う場合は事前に管理部などに自己申告をする、という社内ルールを徹底します。実際に取引を行う前に取引者から自己申告させることはもちろんですが、全取引について事前把握できる部門にて関連当事者リストに記載された者との取引が生じる場合には、当該取引を事前に感知する体制の構築が望まれます。
このような体制について、関連当事者取引規程などの規程にして社内周知しているケースもあります。