未払い残業代が発生した場合どうすれば良いですか。

上場までに必ず清算する必要があります。

時間外労働にかかる未払い残業代の従業員からの請求権は2年間(労働基準法115条)と定められているため、上場後に請求権の行使による清算があると、上場準備会社の業績に影響を与えることとなります。

このようなリスクを抱えて上場承認を受けることはできませんので、上場までに時間外労働の未払い残業代は全て清算してください。