内部監査は代表取締役の直属の組織として、社内の経営管理体制が有効に機能しているかを監査する役割を担います。株主から委任を受けている監査役、会計監査人（監査法人）とはその立場が異なります。
内部監査はその職務の特殊性から原則として専任者がその任を負いますが、まだ規模が小さい会社の場合、1年中監査業務を行うほどの業務量がない場合があります。その場合には、従業員が他の部署と内部監査を兼務することが可能です。しかし、その従業員が所属する部門を自身で内部監査してしまうと、自己監査となり監査の有効性に疑義が生じます。したがって、従業員が兼務する場合には最低でも2名以上の内部監査担当者を選任し、クロス監査（自身の部門は監査しないこと）体制を構築する必要があります。
また、一定以上の規模の会社の場合には、専任者の設置が求められます。
【目的】
代表取締役の直属の組織として、経営管理体制が有効に機能しているか、その状況を監査、監視する。
【監査実務】
- ・監査計画の立案：1年間の監査計画を立案します。原則として全子会社及び全部署全部門を監査対象とします。
- ・監査手法：書面監査、実地調査、ヒアリング、質問票等により監査を実施します。
- ・監査調書：監査の結果、また状況のメモとして監査調書を残します。
- ・監査項目：会議体への出席、主要帳票、会議体議事録、会計帳簿等の書類閲覧、従業員へのインタビュー、特定対象者へのヒアリング、現場の実地調査、規程・業務フローの閲覧、関連当事者取引・利益相反取引等の監査、コンプライアンス体制・リスク管理体制に関する監査、日常の業務に関する業務監査、監査役との連携、監査法人との連携、内部通報制度の利用状況の確認
【三様監査】
内部監査担当者は、監査役と監査法人と連携し、監査状況の共有を行います。
これらの監査機能はそれぞれ監査する立場が異なるため、監査情報の共有のため最低でも四半期に一度のミーティングを実施します。