監査役の補佐として従業員が書面作成などを行っても良いですか。

良いです。会社法では、会社の規模に応じて監査役は監査補助人を置くことを求めることができます(会社法施行規則100条3項)。

ただし、監査役の独立性の観点から監査以外の業務を執行している従業員を監査補助人とすることはできません。